Documentación

Registro de DOI

• Batch registration documentation 1.7 (ex situ) Este archivo comprimido contiene un documento que explica cómo completar la plantilla de Excel incluida para obtener los DOI de los RFAA ex situ.
• Batch registration documentation 1.0 (in situ) Este archivo comprimido contiene un documento que explica cómo completar la plantilla de Excel incluida para obtener los DOI de los RFAA in situ.
• GLIS XML Integration Protocol En este documento sobre el Protocolo XML de integración del GLIS se explican de manera pormenorizada los mensajes XML que se envían al Sistema mundial de información sobre los RFAA para registrar un DOI nuevo o actualizar un DOI ya registrado. Si prefiere no ejecutar el protocolo XML de forma directa, el Conjunto de instrumentos de integración que se describe más abajo podría resultarle útil.
• Integration Toolkit 4.0.1 installation and operation manual Integration Toolkit (Conjunto de instrumentos de integración) es una aplicación liviana de Java que cuenta con una base de datos integrada y que puede desplegar fácilmente en su entorno de TI para facilitar el registro y la actualización de DOI con el Protocolo XML de integración del GLIS En el documento se describe la arquitectura del Conjunto de instrumentos, la estructura de la base de datos que utiliza, su instalación y configuración y la forma de utilizarlo.
• Vademecum for DOI registrants En este documento se describen las acciones que puede realizar con los DOI del Sistema mundial de información que acaba de obtener para aprovecharlos al máximo.
• Asistente de GRIN-Global para la asignación de DOI con el Sistema mundial de información Este complemento de asistente permite que los usuarios de GRIN-Global asignen identificadores digitales de objetos desde el Sistema mundial de información de manera gratuita. Se trata de un componente de la herramienta Curator y debe configurarse según se indica en la documentación asociada. La configuración incluye, entre otros parámetros, el identificador único permanente (PID) que facilita el Tratado Internacional. Los archivos de origen y la documentación de GLIS-DOI Manager Wizard están disponibles en línea.
• International DOI Foundation Es una organización de composición restringida sin ánimo de lucro que actúa como órgano de gobernanza y gestión para la federación de organismos de registro y que permite registrar identificadores digitales de objetos (DOI) y presta servicios conexos; se trata además de la autoridad de registro de la norma ISO (ISO 26324) para el sistema DOI. El sistema DOI proporciona la infraestructura social y técnica necesaria para registrar y utilizar identificadores interoperativos permanentes, denominados, DOI, en redes digitales.

Notas técnicas de GLIS

• Referencias a DOI del Sistema mundial de información en publicaciones y conjuntos de datos Esta nota describe la conexión entre las publicaciones de GLIS DOI y los conjuntos de datos y cómo se pueden citar los datos a través del Sistema Mundial de Información sobre RFAA.
• Enlaces a sitios web de GLIS Esta nota explica cómo se incluyen y gestionan los enlaces a sitios web y recursos externos en los metadatos del DOI y cómo se les asignan las palabras clave.
• Relaciones entre los DOI y los RFAA Esta nota técnica describe la relación entre dos o más RFAA mediante la asignación de DOI y explora algunos usos potenciales, como la identificación de ancestros y otra información asociada con ellos.
• Códigos normalizados Este documento describe en detalle los códigos adoptados en el Sistema GLIS para una amplia gama de información (por ejemplo, personas o instituciones que conservan RFAA, países, fechas, coordenadas y otros atributos de RFAA), y proporciona orientación sobre cómo utilizarlos.
• Consejos y trucos para el registro por lotes de DOIS en GLIS Este documento proporciona sugerencias sobre cómo acceder y completar mejor las plantillas para el registro por lotes de DOIS, que se recomienda en GLIS para colecciones de tamaño mediano.
• Cómo usar el protocolo XML Este documento describe las primeras experiencias con la adopción del protocolo XML para asignar DOIS al material RFAA en GLIS. El protocolo XML es especialmente adecuado para colecciones grandes y el documento explica las diversas opciones de implementación disponibles.
• Integración de Genesys Este documento explica el intercambio de información entre Genesys y GLIS, incluida la adición del GLIS DOI a la página de Genesys de la misma accesión y la actualización de GLIS por parte de Genesys.

Registro de DOI

• DataCite Es un organismo de registro autorizado por la International DOI Foundation para prestar servicios de registro de DOI. DataCite registra los DOI asignados por el Sistema mundial de información.
• Identificadores digitales de objetos para cultivos alimentarios Este folleto contiene dos documentos de referencia para que su organización adopte el sistema de DOI: "Directrices para la utilización óptima de identificadores digitales de objetos como identificadores únicos permanentes de los recursos fitogenéticos para la alimentación y la agricultura - v.2", que describe casos de uso concretos sobre la adopción de DOI y sus repercusiones en los procesos y procedimientos existentes, y "Datos necesarios para la asignación de identificadores digitales de objetos en el Sistema mundial de información - v.2.1", que describe los descriptores asociados a DOI del Sistema mundial de información, en especial en referencia a la norma sobre los descriptores de pasaporte para cultivos múltiples (véase más abajo).

Descriptores

• Descriptores de pasaporte para cultivos múltiples La lista de descriptores de pasaporte para cultivos múltiples, elaborada conjuntamente por Bioversity International (antes Instituto Internacional de Recursos Fitogenéticos, IPGRI) y la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO), es una norma internacional de uso generalizado que facilita el intercambio de información de pasaporte del germoplasma. Estos descriptores son compatibles con las listas de descriptores de cultivos de Bioversity, con los descriptores utilizados por el Sistema mundial de información y alerta rápida sobre los recursos fitogenéticos para la alimentación y la agricultura (WIEWS) de la FAO y con el portal mundial de GENESYS. Los descriptores del Sistema mundial de información se basan en gran parte en los descriptores de pasaporte para cultivos múltiples.
• Descriptores de cultivos específicos La homogeneidad en la descripción, recopilación y documentación de los datos es fundamental para la conservación y utilización del material de plantación. Estos descriptores son una herramienta esencial para permitir el intercambio de información sobre los cultivos contemplados en el Anexo 1 del Tratado Internacional.
• ICRAF/FAO En colaboración con socios académicos y de investigación nacionales e internacionales, el Centro Internacional de Investigación Agroforestal (ICRAF) y el Tratado Internacional de la FAO sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura, han desarrollado varias publicaciones que contienen conjuntos de descriptores mínimos para la caracterización y evaluación de árboles frutales de usos múltiples nativos de África y Asia. Estos conjuntos estratégicos de descriptores facilitan la documentación estándar, el acceso a la información y el uso de estas especies
• UPLB/FAO- Descriptores para la nuez de pili La Universidad de Filipinas Los Baños (UPLB) y el Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura de la FAO, en colaboración con socios académicos y de investigación, han desarrollado este conjunto clave de descriptores para la caracterización y evaluación de Canarium ovatum. Se espera apoyar estudios centrados en su diversidad genética y morfológica, la conservación de sus recursos genéticos, la domesticación y el aumento de la producción y el uso de sus productos.
• Descriptores ILRI/FAO para especies de leguminosas forrajeras El Instituto Internacional de Investigación Agropecuaria (ILRI), y el Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura de la FAO, en colaboración con socios académicos y de investigación, han desarrollado el conjunto clave de descriptores para la caracterización y evaluación de especies de leguminosas forrajeras. Si bien estos descriptores se han desarrollado para algunas especies herbáceas tropicales pequeñas, también pueden ser útiles para la caracterización de otras leguminosas forrajeras similares.
• Descriptores ILRI/FAO para árboles forrajeros El Instituto Internacional de Investigación Agropecuaria (ILRI), y el Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura de la FAO, en colaboración con socios académicos y de investigación, han desarrollado el conjunto clave de descriptores para la caracterización y evaluación de árboles forrajeros. Estos descriptores han sido desarrollados para algunas especies de rápido crecimiento que ya se están adoptando por pequeños agricultores en todo el mundo.
• Descriptores ILRI/FAO para pastos forrajeros El Instituto Internacional de Investigación Agropecuaria (ILRI), y el Tratado Internacional sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura de la FAO, en colaboración con socios académicos y de investigación, han desarrollado el conjunto clave de descriptores para la caracterización y evaluación de pastos forrajeros. Estos descriptores han sido desarrollados para varias especies de la familia Poaceae que ya se están adoptando por pequeños agricultores en todo el mundo.
• ICAR-IIMR/ICAR-NBPGR/ICRISAT and FAO descriptors for foxtail millet En colaboración con socios académicos y de investigación nacionales e internacionales, el Instituto indio de investigación del mijo del ICAR, el Instituto internacional de investigación de cultivos para los trópicos semi-áridos, la Oficina Nacional de Recursos Fitogenéticos del ICAR y el Tratado Internacional de la FAO sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura ha elaborado un conjunto estratégico clave de descriptores de caracterización y evaluación de Setaria italica y Setaria pumila. Este conjunto mínimo tiene como objetivo apoyar estudios centrados en la diversidad genética y morfológica del mijo cola de zorra y sus parientes silvestres y malezas, así como aquellos sobre conservación, domesticación y uso.
• ICAR-IIMR, ICAR-NBPGR, ICRISAT and FAO descriptors for fonio millets El Instituto indio de investigación del mijo del ICAR, el Instituto internacional de investigación de cultivos para los trópicos semi-áridos, la Oficina Nacional de Recursos Fitogenéticos del ICAR y el Tratado Internacional de la FAO sobre los Recursos Fitogenéticos para la Alimentación y la Agricultura han desarrollado descriptores clave de caracterización evaluación para Digitaria exilis Stapf y Digitaria iburua Stapf de la familia Poaceae. Este conjunto estratégico tiene como objetivo facilitar el acceso y la utilización de estas especies, y no excluye la adición de otros descriptores posteriormente.

Recursos para el desarrollo de listas de descriptores

• Desarrollo de listas de descriptores de cultivos: directrices para los usuarios Para aumentar el intercambio internacional de material, es fundamental un elemento mínimo de uniformidad en la recopilación, el registro, el almacenamiento y la recuperación de datos. Estas directrices ayudan a los curadores de bancos de germoplasma, fitomejoradores, redes y usuarios de recursos genéticos a desarrollar sus propias listas de descriptores para caracterizar su material y poner la información a disposición de otros de forma sistemática e inequívoca.
• Descriptores clave de caracterización y evaluación: metodologías para la evaluación de 22 cultivos La metodología describe el proceso de desarrollo para cada lista clave de descriptores y fue diseñada para facilitar el acceso y la utilización de información sobre recursos fitogenéticos. Incluye conjuntos clave estratégicos de descriptores de caracterización y evaluación para 22 cultivos incluidos en el Anexo I del Tratado Internacional.
• CWR Descriptor Tool v.1 Esta herramienta de recopilación de datos ayuda a documentar los parientes silvestres de cultivos (PSC) conservados en condiciones in situ. La herramienta se basa en los Descriptores para parientes silvestres de cultivos conservados in situ (CWRI v.1.1), y está compuesta por varias hojas con funciones de información y entrada de datos. Ayuda a los usuarios a recopilar y estructurar datos de PSC de manera estandarizada como primer paso para desarrollar bases de datos nacionales de poblaciones conservadas in situ.

Otros descriptores

• Descriptores para tecnologías de marcadores genéticos Esta lista de descriptores está dirigida a investigadores que utilizan tecnologías de marcadores genéticos para generar e intercambiar datos de marcadores genéticos que sean estandarizados y replicables. Este conjunto inicial de descriptores propuesto fue revisado ampliamente por expertos internacionales de instituciones nacionales de investigación, universidades y centros CGIAR.
• Descriptores del conocimiento que los agricultores tienen de las plantas La lista pretende captar las características clave, los usos y los valores de las plantas cultivadas y silvestres, en la forma en que los describen los agricultores y demás miembros de las comunidades agrícolas.
• Descriptores para parientes silvestres de cultivados conservados in situ Esta lista actualizada de descriptores de pasaporte para los parientes silvestres de cultivo conservados in situ proporciona una norma internacional que garantiza la coherencia en la forma de recopilar e intercambiar información sobre dichos parientes. También está disponible en árabe, francés y inglés.
• Directrices de examen UPOV La Unión Internacional para la Protección de las Obtenciones Vegetales (UPOV) publica Directrices para la ejecución del examen de la distinción, la homogeneidad y la estabilidad (DHE) y el desarrollo de descripciones armonizadas de nuevas variedades de plantas.

Taxonomía

• Taxonomía de GRIN El Sistema nacional de germoplasma vegetal del Servicio de Investigación Agrícola del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos (USDA) mantiene una base de datos informática, denominada Red de Información de Recursos de Germoplasma (GRIN-Global), que permite gestionar sus 599 842 accesiones de germoplasma y ofrece información sobre ellas. La sección sobre taxonomía de GRIN-Global establece la clasificación y nomenclatura mundiales de estos recursos genéticos y de muchas otras plantas de utilidad económica. GRIN-Global Taxonomy incluye los nombres científicos de 27 666 géneros (14 514 aceptados), 1 422 infragéneros (1 360 aceptados) y 122 164 especies o infraespecies (66 755 aceptadas) con sus nombres comunes, distribuciones geográficas, referencias bibliográficas e importancia económica. GRIN-Global ha adoptado normas generalmente aceptadas para la abreviación de los nombres de autores y la bibliografía sobre botánica. Los taxonomistas del Laboratorio Nacional de Recursos de Germoplasma comprueban los nombres científicos, de conformidad con las normas internacionales de nomenclatura botánica, con la ayuda de la bibliografía sobre taxonomía disponible y en consulta con especialistas en taxonomía. GRIN-Global Taxonomy incluye las malas hierbas nocivas de regulación estatal y federal y las plantas en peligro y amenazadas que figuran en las listas federales e internacionales. Desde 1994, la información taxonómica de GRIN-Global se puede consultar en Internet.
• Taxonomic Name Resolution Service Este sitio web acepta solicitudes en grupo de nombres y las comprueba con respecto a diferentes listas de referencia, entre las que figura GRIN Taxonomy. La puntuación resultante indica si cada nombre es correcto o no.
• GoFAIR En 2016, Scientific Data publicó los principios rectores FAIR para la gestión y administración de datos científicos (FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship). Los autores del documento tenían el objetivo de proporcionar directrices para mejorar la facilidad de búsqueda, accesibilidad, interoperabilidad y reutilización (Findability, Accessibility, Interoperability, and Reuse - FAIR) de los contenidos digitales. Los principios hacen hincapié en la "accionabilidad informática" (es decir, la capacidad de los sistemas informáticos para buscar datos, acceder a ellos, interactuar con ellos y reutilizarlos con nula o mínima intervención humana) ya que, debido al aumento de volumen, complejidad y velocidad de creación de los datos, los humanos dependen cada vez más del apoyo informático para su manejo.
• Crossref Facilita la búsqueda, citación, enlace, evaluación y reutilización de los productos de investigación. Crossref es una organización sin ánimo de lucro de composición restringida cuyo propósito es mejorar las comunicaciones académicas. Movilizan a la comunidad, etiquetan y comparten metadatos, gestionan una infraestructura abierta, juegan con la tecnología y elaboran herramientas y servicios, todo ello con el objetivo de contextualizar el contenido académico.
• Gardian La red GARDIAN (Global Agricultural Research Data Innovation and Acceleration Network) actúa como recolector de datos y permite descubrir publicaciones y conjuntos de datos de la treintena de repositorios institucionales de datos y publicaciones que existen en todos los centros del CGIAR a fin de posibilitar la adición de valor y la innovación a través de la reutilización de los datos.
• Cambridge Plant Genetic Resources Es una revista internacional revisada por pares dedicada a los diversos temas relacionados con la conservación, caracterización, evaluación y utilización de los recursos fitogenéticos.
• Frontiers in Plant Science Este editor publica importantes descubrimientos que contribuyen a la comprensión y el progreso del mejoramiento vegetal moderno, proporcionando una plataforma única para artículos que abordan el mejoramiento vegetal mediante el mejoramiento genético y temas relacionados.
• International Journal of Plant Breeding and Crop Science Es una revista revisada por un comité de lectura. La revista se publica mensualmente y cubre el uso sostenible de productos fitosanitarios y la evaluación agronómica y molecular, entre otros temas.
• International Journal of Plant Breeding and Genetics - Esciencepress Es una revista internacional de acceso abierto, revisada por pares, dedicada a brindar oportunidades para versiones originales y ampliadas de investigaciones publicadas.
• Journal of Plant biology and Agriculture Sciences Es una revista de acceso abierto revisada por pares de circulación internacional que brinda acceso ilimitado a nuestro centro de literatura que presenta contribuciones de investigación originales y avances científicos en el campo de la agricultura y la biología vegetal.
• Journal of Plant Genetics and Breeding Es una revista de acceso abierto que presenta trabajos científicos y conocimientos de vanguardia sobre el uso de técnicas moleculares y genómicas para el fitomejoramiento a partir de la selección.
• MDPI - Publicación académica de libre acceso Es una editorial de revistas de acceso abierto revisadas por pares desde su creación en 1996.
• Nature Es una de las revistas científicas multidisciplinarias más importantes del mundo. Publica las mejores investigaciones revisadas por pares que impulsan descubrimientos innovadores.
• Springer Springer Nature es una editorial multinacional alemana de libros, libros electrónicos y revistas revisadas por pares en publicaciones científicas, humanitarias, técnicas y médicas.
• BMC Plant Biology Es una revista de acceso abierto y revisada por pares que considera artículos sobre todos los aspectos de la biología vegetal, incluida la investigación molecular, celular, de tejidos, órganos y organismos completos.
• ResearchGate Es un sitio de red social comercial europeo para que científicos e investigadores compartan artículos, hagan y respondan preguntas y encuentren colaboradores.
• Base de datos de taxonomía del NCBI Es una clasificación y nomenclatura seleccionada para todos los organismos en las bases de datos de secuencias públicas. Esto representa actualmente alrededor del 10 por ciento de las especies de vida descritas en el planeta.
• PlantRegMap El mapa regulador transcripcional de plantas proporciona un recurso completo y de alta calidad sobre factores de transcripción (TF) de plantas, elementos reguladores e interacciones entre ellos, lo que permite avanzar en la comprensión del sistema regulador transcripcional de plantas.
• IBG-4 - Información sobre biotecnología vegetal Este sitio web intenta rastrear genomas de plantas secuenciados que se han publicado en revistas revisadas por pares.
• Portal sobre Cichorieae. Proporciona acceso al conocimiento existente sobre las plantas cichorieae, basado en información filogenética y taxonómica autorizada hasta donde esté disponible.
• Euro+Med PlantBase Cubre todas las plantas vasculares nativas e introducidas de Europa, el Mediterráneo y el Cáucaso.
• Plataforma EDIT para Cibertaxonomía Es una colección de herramientas y servicios de código abierto que en conjunto cubren todos los aspectos del flujo de trabajo en biología para describir, clasificar y nombrar grupos de organismos.
• Índice internacional de nombres de plantas Proporciona datos de nomenclatura (ortografía, autor, tipos y primer lugar/fecha de publicación) para los nombres científicos de plantas vasculares desde rangos familiares hasta rangos infraespecíficos.
• Navegador de taxonomía NCBI Es una clasificación y nomenclatura curada para organismos que tienen datos moleculares en las bases de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI).
• Tropicos Esta base de datos vincula más de 1,38 millones de nombres científicos con más de 6,99 millones de especímenes y más de 1,86 millones de imágenes digitales.
• IATE - European Union Terminology Es la base de datos terminológica de la UE, que se viene utilizando en las instituciones y organismos de la UE desde el verano de 2004 para recopilar, divulgar y gestionar la terminología específica de la Unión Europea.
• Pl@ntNet Pl@ntNet es una aplicación que ayuda a los usuarios a identificar plantas mediante el análisis de fotos. Permite a los usuarios comparar sus imágenes con una extensa base de datos de especies vegetales y proporciona información sobre sus características y hábitats.
• MaizeGDB MaizeGDB es un servicio informático a largo plazo, impulsado por la comunidad y financiado con fondos federales, cuyo objetivo es ayudar a los investigadores que estudian la planta de cultivo y organismo modelo Zea mays. Como miembro fundador de AgBioData, un consorcio de recursos en línea centrados en la agricultura, MaizeGDB se dedica a garantizar que los datos de investigación relacionados con la agricultura sean FAIR (Localizables, Accesibles, Interoperables y Reutilizables).
• Sequence Read Archive (SRA) El Sequence Read Archive (SRA) es el mayor repositorio público de datos de secuenciación de alto rendimiento, accesible a través de varios proveedores en la nube y servidores del NCBI. Acepta datos de todas las formas de vida, incluidos estudios metagenómicos y medioambientales, y almacena datos de secuenciación en bruto junto con información de alineación para promover la reproducibilidad y permitir nuevos descubrimientos mediante el análisis de datos.
• Centro de Bioinformación y Banco de Datos de Japón (BI-DDBJ) El Centro de Bioinformación y DDBJ (BI-DDBJ) recopila y proporciona gratuitamente datos de secuencias de nucleótidos para apoyar la investigación en ciencias de la vida como parte de la Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos (INSDC), haciendo hincapié en la integración de métodos computacionales y experimentales en la investigación biológica. BI-DDBJ, dependiente del Instituto Nacional de Genética de Japón, emite números de acceso reconocidos internacionalmente y garantiza la calidad y accesibilidad de los datos de secuencias de nucleótidos, facilitando la colaboración mundial entre investigadores.
• Alphafold La predicción de estructuras tridimensionales de proteínas es un reto importante en biología que puede mejorar nuestra comprensión de la salud, las enfermedades y el medio ambiente, especialmente en el diseño de fármacos y la sostenibilidad. AlphaFold, una IA avanzada desarrollada por Google DeepMind en colaboración con EMBL-EBI, ha puesto a disposición de la comunidad científica más de 200 millones de predicciones de estructuras de proteínas, ampliando considerablemente el conocimiento de la biología.
• Uniprot UniProt es el principal recurso mundial de información funcional y sobre secuencias de proteínas de alta calidad, exhaustiva y de libre acceso.
• Base de datos nacional del banco de genes de China (CNGBdb) La Base de datos nacional del banco de genes de China (CNGBdb) es una plataforma centralizada diseñada para compartir big data biológicos y ofrecer servicios de aplicación a la comunidad investigadora. Aprovechando las tecnologías de big data y computación en la nube, ofrece diversos servicios de datos, como archivado, análisis, búsqueda de conocimientos, autorización de gestión y visualización.
• CNGB Sequence Archive (CNSA) CNSA se centra en archivar, almacenar y compartir datos ómicos para promover la reutilización de datos y avanzar en las ciencias de la vida. Siguiendo los principios FAIR, CNSA está indexado en CoreTrustSeal, FAIRsharing y re3data.org, y utiliza identificadores de objetos digitales (DOI) para mejorar la visibilidad de los datos.
• PFAM La base de datos Pfam del EMBL-EBI es una completa colección de familias de proteínas representadas por alineaciones de secuencias y modelos de Markov ocultos (HMM), que destacan dominios funcionales que revelan conocimientos sobre las funciones de las proteínas. También agrupa las entradas relacionadas en clanes basados en similitudes de secuencia o estructurales, con datos procedentes de UniProt Reference Proteomes y accesibles a través de varias bases de datos.
• Base de datos de identificaciones proteómicas (PRIDE) La base de datos de identificaciones proteómicas (PRIDE) del EMBL-EBI es un repositorio público centralizado de datos proteómicos de espectrometría de masas, que incluye identificaciones de proteínas y péptidos, valores de expresión y modificaciones postraduccionales. Como miembro principal del consorcio ProteomeXchange, PRIDE permite la presentación estandarizada de datos proteómicos, a los que se puede acceder a través de su sitio web o mediante programación a través de una API RESTful, apoyando la investigación reproducible y la reutilización de datos.
• The Enterprise Breeding System (EBS) El Enterprise Breeding System (EBS) es una herramienta informática de código abierto diseñada para programas de mejora de cultivos destinados a agricultores de escasos recursos de África, Asia y América Latina. Desarrollado por la Plataforma de Excelencia en el Fitomejoramiento del GCIAI, EBS integra el software de fitomejoramiento y las soluciones de datos existentes, lo que permite a los fitomejoradores centrarse eficazmente en la creación de variedades mejoradas.
• ZEAMAP ZEAMAP es una base de datos dedicada a la genómica de Zea y a la mejora genética del maíz, que integra datos multidimensionales como la genómica, la transcriptómica, las variaciones genéticas, la cartografía genética y los lugares de selección evolutiva.
• CassavaBase (NextGen Cassava) NextGen Cassava conecta la ciencia avanzada de los cultivos con los agricultores, procesadores y consumidores de yuca, atendiendo a sus necesidades. La iniciativa ha revolucionado las prácticas de cultivo de la mandioca en el África subsahariana y más allá, ofreciendo un modelo para mejorar otros cultivos con métodos más rápidos e inteligentes.
• Portal Bridge del Instituto Leibniz El portal web Bridge del Instituto Leibniz permite a los usuarios buscar más de 22.000 muestras de germoplasma de cebada por pasaporte y datos fenotípicos, explorar visualmente los SNP frente a Morex V1, V2 y V3, y analizar la diversidad genética con gráficos PCA y t-SNE. Los usuarios también pueden inspeccionar los resultados GWAS con gráficos Manhattan interactivos, exportar datos genotípicos en formato VCF, datos fenotípicos en formato ISA-Tab, y pedir directamente accesiones de cebada del banco de genes IPK.
• El Sistema de Información de Germoplasma de Musa (MGIS) El Sistema de Información de Germoplasma de Musa (MGIS) proporciona información esencial sobre la diversidad del germoplasma de Musa, que incluye datos de pasaporte, clasificación botánica, descriptores morfo-taxonómicos, estudios moleculares, imágenes de plantas y datos SIG sobre colecciones en todo el mundo, convirtiéndose en la fuente más completa de información sobre los recursos genéticos del plátano.
• Índice genético del arroz (RGI) El RGI permite a los usuarios explorar relaciones y detalles de los genes mediante búsquedas basadas en palabras clave, secuencias y relaciones. Además, los usuarios pueden visualizar estas relaciones a escalas locales y globales a través de los módulos de "Microcolinealidad" y "Macrocolinealidad".
• T3/Wheat T3 es un repositorio público de datos sobre el trigo generado por el Proyecto Agrícola Coordinado de Trigo y los Viveros Regionales de Fusariosis de EE. UU., respaldado por la Iniciativa de Fusariosis de Trigo y Cebada de EE. UU. El financiamiento proviene del Instituto Nacional de Alimentos y Agricultura y del Departamento de Agricultura de EE. UU. La base de datos se desarrolló en triticeaetoolbox.org/wheat y se trasladó aquí tras su archivo en enero de 2020.
• Dataverse El Proyecto Dataverse es una aplicación web de código abierto para compartir, preservar, citar, explorar y analizar datos de investigación, que facilita el acceso y la replicación mientras otorga crédito académico y visibilidad a investigadores e instituciones a través de repositorios que albergan colecciones de conjuntos de datos con metadatos descriptivos y archivos adjuntos.
• Figshare Figshare es una plataforma que permite a los investigadores almacenar, compartir y mostrar sus resultados de investigación, incluidos conjuntos de datos, figuras y publicaciones, de manera que sean citables, descubribles y accesibles para otros.
• Zenodo Zenodo es un repositorio de acceso abierto que permite a los investigadores compartir y preservar sus resultados de investigación, incluidas publicaciones, conjuntos de datos y software, de una manera que asegura su accesibilidad a largo plazo y citación.
• Dryad Dryad es una plataforma de publicación de datos abiertos y una comunidad centrada en hacer que los datos de investigación estén disponibles de forma gratuita y sean reutilizables. Nuestra visión es acelerar el descubrimiento y traducir la investigación en beneficios para la sociedad. Promovemos las prácticas de datos abiertos mediante la colaboración con instituciones académicas, financiadores de investigación y editores.
• Viewer Gap Analysis Actualmente, no se sabe en qué medida las colecciones de los bancos de germoplasma del mundo cubren adecuadamente la diversidad genética de las variedades locales existentes de los cultivos. Se necesitan datos geográficamente específicos sobre la diversidad única de las variedades locales para guiar los esfuerzos de recolección futuros y llenar las lagunas en las colecciones ex situ. Para ello, el equipo de Análisis de Brechas de Variedades Locales del CGIAR ha desarrollado un marco de modelado geoespacial para mejorar los esfuerzos de recolección de variedades locales de cultivos (Ramirez-Villegas et al., 2020). Este método utiliza información de pasaporte, caracterización y genética de las variedades locales conservadas, combinada con datos geoespaciales ambientales y antropogénicos. Se emplean métodos avanzados de modelado para predecir las áreas geográficas que probablemente representen vacíos en las colecciones de conservación ex situ, en lo que respecta a la diversidad genética de las variedades locales.
• Red de Información a Nivel del Sistema para los Recursos Genéticos (SINGER) El Sistema de Información Global sobre Recursos Genéticos (SINGER) es una plataforma de intercambio de información entre los Centros de Cosecha del Futuro del Grupo Consultivo sobre la Investigación Agrícola Internacional (CGIAR) y sus organizaciones asociadas.
• Federación Alemana para los Datos Biológicos (GFBio) La Federación Alemana para los Datos Biológicos (GFBio) es una iniciativa nacional que proporciona infraestructura y apoyo para el almacenamiento, gestión y compartición de datos biológicos. Está diseñada para garantizar la disponibilidad y accesibilidad de los datos biológicos para los investigadores, ofreciendo una plataforma para la integración de datos y la colaboración en las ciencias biológicas.
• Cell Press Cell Press es un importante editor de revistas científicas, especializado en ciencias de la vida. Publica una amplia gama de revistas que cubren investigaciones biomédicas, biología molecular, química y más. Cell Press es conocido por sus publicaciones de alto impacto, como Cell, Neuron y Cancer Cell, contribuyendo al avance del conocimiento científico y fomentando la colaboración en la comunidad científica.
• Collaborative Open Plant Omics (COPO) Collaborative Open Plant Omics (COPO) es una plataforma de código abierto diseñada para apoyar la gestión, el intercambio y la integración de datos ómicos a gran escala relacionados con las plantas. Facilita la colaboración entre investigadores, científicos e instituciones que trabajan en genómica, transcriptómica, proteómica, metabolómica y otros campos ómicos de plantas. COPO proporciona un marco para organizar y analizar de manera eficiente los datos ómicos relacionados con las plantas, permitiendo el intercambio de datos, la investigación reproducible y el análisis colaborativo dentro de la comunidad científica global de ciencias de las plantas.
• Infraestructura Europea para los Datos de Ciencias de la Vida (ELIXIR) La Infraestructura Europea para los Datos de Ciencias de la Vida (ELIXIR) es una organización paneuropea que proporciona una infraestructura colaborativa para la gestión, integración y análisis de datos de ciencias de la vida. Fundada en 2013, ELIXIR tiene como objetivo facilitar el acceso a datos de alta calidad y recursos computacionales para investigadores, organizaciones e instituciones en toda Europa y más allá. Apoya a la comunidad de ciencias de la vida al permitir el intercambio y uso efectivo de datos biológicos.
• Plants, People, Planet Plants, People, Planet es una revista científica interdisciplinaria que se enfoca en las conexiones entre la ciencia de las plantas, la sostenibilidad y los desafíos globales que afectan a las personas y al medio ambiente. Publica investigaciones sobre temas como la agricultura, la biodiversidad, la mejora de plantas y los servicios ecosistémicos, con el objetivo de cerrar la brecha entre la ciencia de las plantas y su impacto en la sociedad y el planeta.
• Actas de la Academia Nacional de Ciencias (PNAS) PNAS (Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos) es una revista científica revisada por pares publicada por la Academia Nacional de Ciencias. Cubre una amplia gama de disciplinas científicas, incluidas biología, química, física y ciencias sociales. PNAS publica investigaciones originales, reseñas e informes científicos, contribuyendo al avance del conocimiento científico y a la difusión de hallazgos en la comunidad científica global.
• Herramienta básica de búsqueda de alineamiento local (BLAST) La Herramienta básica de búsqueda de alineamiento local (BLAST) es una herramienta de bioinformática ampliamente utilizada que permite a los investigadores comparar secuencias biológicas, como secuencias de ADN, ARN o proteínas, con bases de datos de secuencias conocidas. Identifica regiones de similitud local entre secuencias, lo que ayuda a comprender las relaciones funcionales y evolutivas entre especies.
• Journal of Peasant Studies El Journal of Peasant Studies es una revista académica que se centra en la economía política, la cultura y el desarrollo rural en sociedades agrarias. Publica artículos sobre temas como los derechos sobre la tierra, la agricultura, el trabajo rural, los movimientos campesinos y el cambio social en las zonas rurales. La revista tiene como objetivo ofrecer perspectivas críticas sobre las experiencias de los campesinos y las luchas globales de las comunidades rurales. Sirve como plataforma para la investigación interdisciplinaria, explorando la relación entre el capitalismo global, los contextos locales y los medios de vida rurales.
• GRIN Global Descriptors Proporciona la clasificación y nomenclatura de los recursos genéticos y de muchas otras plantas económicas a nivel mundial. En la taxonomía GRIN-Global se incluyen los nombres científicos de 28.094 géneros (14.723 aceptados), 1.422 infragéneros (1.350 aceptados) y 129.994 especies o infraespecies (71.326 aceptadas) con nombres comunes, distribuciones geográficas, referencias bibliográficas e importancia económica.

Ontologías

• Catálogo Europeo de Búsqueda de Recursos Genéticos Vegetales (EURISCO) El Catálogo Europeo de Búsqueda de Recursos Genéticos Vegetales (EURISCO) proporciona información sobre más de 2 millones de accesiones de plantas cultivadas y sus parientes silvestres, conservados ex situ por aproximadamente 400 institutos. EURISCO funciona a través de una red de inventarios nacionales de 43 países miembros, desempeñando un papel clave en la conservación de la diversidad agrobiológica mundial al ofrecer información sobre la gran diversidad genética mantenida por las instituciones colaboradoras. Entre 2003 y 2014, EURISCO fue alojado y gestionado por Bioversity International en Roma, Italia. Desde 2014, EURISCO es mantenido por el Instituto Leibniz de Genética Vegetal e Investigación sobre Plantas Cultivadas (IPK) en Gatersleben, Alemania. El objetivo principal de EURISCO es proporcionar una ventanilla única de información para la comunidad científica y los mejoradores de plantas. EURISCO contiene tanto datos de pasaporte como datos fenotípicos.
• Crop Wild Relatives de Bioversity International Se creó bajo los auspicios del proyecto "In situ conservation of crop wild relatives through enhanced information management and field application" (2004-2010), financiado por el Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA) y el Fondo para el Medio Ambiente Mundial (FMAM). Se fue ampliando con el proyecto "In situ conservation and use of crop wild relatives in three ACP countries of the SADC region" (2014-2016), financiado por la Unión Europea y el Grupo de Estados de África, el Caribe y el Pacífico (Grupo ACP), y su mantenimiento y actualización se realizan actualmente en el marco del proyecto "Bridging agriculture and environment: Southern Africa crop wild relative regional network" (2019-2022), financiado por la Iniciativa Darwin.
• Mansfeld Database on Agricultural and Horticultural Crops Es una base de datos en línea desarrollada en IPK desde 1998. Contiene información sobre 6.100 especies de plantas cultivadas, excluidas las forestales y ornamentales. Cada entrada de especie proporciona nomenclatura y sinonimia, nombres comunes en diferentes idiomas, distribución espontánea y regiones de cultivo, usos, imágenes, referencias, pero también las especies ancestrales y notas sobre la filogenia, la variación y su historia.
• Ontología de cultivos El proyecto Crop Ontology ha sido concebido por el Generation Challenge Programme (GCP) que, desde su creación, comprendió la importancia de contar con vocabularios y ontologías controlados para la anotación digital de datos. El proyecto proseguirá con la validación y el perfeccionamiento progresivos de la ontología de cultivos, para lo cual será necesario añadir métodos de medición de rasgos y experimentos para asignar los términos ontológicos a variables medidas, almacenadas o publicadas. Se trata de un elemento clave de la Integrated Breeding Platform.
• PLAZA Es un recurso versátil y comprensible para usuarios que desean explorar información del genoma para estudiar diferentes aspectos de la biología vegetal, tanto en organismos modelo como no modelo.
• AgBioData Es un consorcio de bases de datos de biología agrícola que tiene como objetivo consolidar estándares y mejores prácticas para adquirir, mostrar y reutilizar datos genómicos, genéticos y de mejoramiento (GGB).
• Sol Genomics Network Es una base de datos y un sitio web dedicado a la información genómica de la familia de las solanáceas, que incluye especies como el tomate, la patata, el pimiento, la petunia y la berenjena.
• EUPVP - Catálogo común Los catálogos comunes de variedades de especies vegetales y hortalizas agrícolas enumeran las variedades que pueden comercializarse en la UE.
• Lista de plantas WFO La Lista de Plantas de la WFO es una de las listas más completas y autorizadas de plantas del mundo, mantenida por la comunidad global de expertos taxonómicos como un recurso gratuito y de acceso abierto.
• Diccionario gramatical del latín botánico Es un diccionario gramatical de latín botánico proporcionado por el Jardín Botánico de Missouri.
• Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG) KEGG es un recurso de base de datos diseñado para interpretar las funciones de alto nivel y las utilidades de los sistemas biológicos, incluidas las células, los organismos y los ecosistemas, utilizando datos a nivel molecular, en particular conjuntos de datos a gran escala producidos por la secuenciación del genoma y otras tecnologías de alto rendimiento. Para más detalles sobre las funciones nuevas y actualizadas, consulte las notas de la versión del 1 de octubre de 2024.
• OMA browser El proyecto OMA (Orthologous Matrix) es una base de datos y un método para inferir ortólogos a través de genomas completos, caracterizado por su amplio alcance, inferencias de alta calidad, interfaz web rica en funciones y actualizaciones frecuentes (dos veces al año). También permite a los usuarios ejecutar el proceso OMA en datos genómicos o transcriptómicos personalizados utilizando un software independiente, lo que permite la integración de datos precalculados y personalizados.

Otros descriptores

• FAOLEX es una base de datos amplia y actualizada de legislación y políticas, uno de los mayores repositorios mundiales en línea de legislaciones, reglamentos y políticas nacionales sobre alimentación, agricultura y gestión de los recursos naturales.

• Base de datos mundial de la OEPP La Base de Datos Global de EPPO (GD) es una base de datos accesible gratuitamente en línea, mantenida por la Secretaría de la Organización Europea y Mediterránea de Protección de Plantas (EPPO). Proporciona a las Organizaciones Nacionales de Protección de Plantas (ONPP) de los países miembros de EPPO un acceso rápido y fácil a toda la información específica sobre plagas producida o recopilada por EPPO.
• WheatIS WheatIS es un proyecto que busca crear un Sistema de Información Internacional sobre el Trigo que apoye a la comunidad de investigación global sobre el trigo. Su objetivo principal es proporcionar un sistema web unificado para acceder a recursos de datos y herramientas de bioinformática. Los principios clave incluyen el desarrollo colectivo, la implementación incremental, la garantía de calidad, el intercambio de datos de acceso abierto, un sistema distribuido y el uso de tecnologías en la nube para facilitar el intercambio de datos y la visibilidad de las plataformas participantes.